Oprocentowanie w kredycie hipotecznym w odróżnieniu od kredytów konsumpcyjnych składa się z dwóch części. Z jednej stronty jest to zmienna stopa procentowa, która zależna jest od różnego rodzaju wskaźników występujących na rynku międzybankowym. W przypadku kredytów zaciąganych w złotówkach zmienna stopa procentowa w ramach oprocentowania kredytu hipotecznego liczona jest przede wszystkim w zależności do zmian wskaźnika WIBOR. Zmiany WIBOR ustalane są przez NBP.
Marża jest stała w oprocentowaniu kredytu hipotecznego przez cały okres trwania umowy kredytowej. Z tego powodu bardzo ważne jest szukanie takich ofert, które pozwalają na korzystanie z jak najniższej marży. Bardzo często banki oferują możliwość obniżenia marży kredytu poprzez wykupienie w danym banku do kredytu hipotecznego różnego rodzaju produktów bankowych. Przy kredytach hipotecznych zawsze można również negocjować wysokość marży. Zawsze warto jest spróbować uzyskać możliwość płacenia niższej marży przed podpisaniem umowy, gdyż zmiana marży w trakcie spłaty kredytu jest najczęściej niemożliwa.